Exploration virtuelle des réactions chimiques
Une nouvelle plateforme en ligne pour explorer les voies chimiques calculées par ordinateur, permettant une compréhension et une conception approfondies des réactions chimiques.
Les progrès de la chimie computationnelle se sont révélés très utiles dans le domaine de la conception des réactions, permettant de découvrir de nouvelles voies de réaction pour la synthèse de composés de grande valeur. La chimie computationnelle génère beaucoup de données, et le processus d'organisation et de visualisation de ces données est vital pour pouvoir les utiliser dans des recherches futures.
Searching Chemical Action and Network (SCAN) dispose d'une interface utilisateur graphique (GUI) qui peut être utilisée pour l'analyse et la visualisation des données.
Keisuke Takahashi
Une équipe de chercheurs de l'université d'Hokkaido, dirigée par le professeur Keisuke Takahashi de la faculté de chimie et le professeur Satoshi Maeda de l'Institute for Chemical Reaction Design and Discovery (WPI-ICReDD), a mis au point une plateforme centralisée, interactive et conviviale, Searching Chemical Action and Network (SCAN), afin d'explorer les voies de réaction générées par la chimie computationnelle. Leur recherche a été publiée dans la revue Digital Discovery.
"D'un point de vue informatique, les réactions chimiques peuvent être considérées comme des réseaux extrêmement complexes constitués de nombreuses interactions moléculaires", explique M. Takahashi. "De nombreux outils ont été développés pour calculer ces réseaux, comme la méthode AFIR que nous utilisons au WPI-ICReDD. Cependant, des outils permettant d'explorer ces réseaux calculés sont également nécessaires, ce qui nous a conduits à l'étude actuelle."
Dans les grandes lignes, toutes les données brutes issues des calculs AFIR forment un "lac de données". Ces données sont ensuite soumises à une étape de prétraitement, créant ainsi un "entrepôt de données". Enfin, le "data mart" accède et récupère les données de l'entrepôt de données et fournit des outils pour visualiser, analyser et partager les données récupérées.
"L'étape du prétraitement est cruciale", explique M. Maeda. "Les données brutes d'AFIR contiennent une immense quantité d'informations, dont il faut extraire les données clés nécessaires à la plateforme SCAN. Ces données clés sont suffisantes pour permettre la création d'une carte interactive des voies de réaction qui peut être recherchée et visualisée."
SCAN est accessible sur l'internet. Le code source de SCAN est également accessible au public.
"Nous avons développé SCAN avec une interface graphique conviviale", conclut M. Takahashi. "Les utilisateurs peuvent rechercher et explorer le réseau de chemins de réaction chimique généré par le calcul de premier principe (AFIR). Cela permettra de comprendre en détail les voies de réaction chimique complexes."
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
Publication originale
Mikael Kuwahara, et al. Searching Chemical Action and Network (SCAN): Interactive Chemical Reaction Path Network Platform. Digital Discovery. July 5, 2023
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